dsh-file-explorer-preview-molstar

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为 dsh-file-explorer 增加 Mol* 3D 结构查看器 的 DSH Web 插件，覆盖其对蛋白质结构与小分子文件的纯文本预览。

在文件浏览器里选中 .cif / .pdb（或下列任意支持格式），预览面板即渲染可交互的 3D 模型，而非原始文本。

截图

深色主题	浅色主题

特性

• 基于 molstar 的 3D 查看器（PluginContext + 极简 canvas，不带完整 Mol* UI）。
• 表示预设：自动 / 卡通 / 球棍 / 分子表面。
• 着色：默认 / 按链 / 按实体；复位视角、旋转开关、跟随 DSH data-ds-dark-theme 的深浅背景。
• 状态栏：格式徽标 + 原子/残基/链计数。
• 工具条与状态栏文案双语（中文 / English）。
• 大文件与二进制：超过核心 2 MiB 文本上限的文件（dsh-file-explorer v0.3.0 起以 text-large 类型返回）与 .bcif，通过核心 fileExplorer.readRawFile 拉取原始字节（dsh-file-explorer v0.1.0+ 标准特性）。

支持的格式

扩展名	格式
cif mmcif mcif	mmCIF
bcif	BinaryCIF
pdb ent	PDB
pdbqt	PDBQT
pqr	PQR
sdf sd	SDF
mol	MOL
mol2	MOL2
xyz	XYZ
gro	GRO

安装

从 Git 仓库安装

dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-molstar
dsh web

从源码安装

git clone https://github.com/wolfsonliu/dsh-file-explorer-preview-molstar
cd dsh-file-explorer-preview-molstar
npm install
npm run build
dsh plugin --profile web add .
dsh web

依赖

本插件依赖 @dsh-external/dsh-file-explorer —— 它注入 fileExplorer cordis 服务（registerPreview / writeFile / readRawFile）。请先安装并启用 dsh-file-explorer：

# 从 git 安装核心
dsh plugin --profile web add github:wolfsonliu/dsh-file-explorer

# 或，从源码安装
git clone https://github.com/wolfsonliu/dsh-file-explorer
cd dsh-file-explorer
npm install && npm run build
dsh plugin --profile web add .

本地开发时，本仓库的 devDependencies 用于让 tsc 解析 @dsh-external/dsh-file-explorer 的 ./client 类型定义。npm install 前请将其指向你自己的 checkout（或 registry 上发布的包）。

≤ 2 MiB 的文件插件直接解析 text 预览内容。更大的文本文件（v0.3.0 起为 text-large）与 .bcif 通过 readRawFile 获取原始字节——这是 dsh-file-explorer v0.1.0+ 中 FileExplorerService 契约的标准组成部分（v0.3.0 未变更）。

限制

• 需要支持 WebGL 的浏览器。
• 只读预览（不支持编辑）。
• 轨迹与密度图（.dcd、.nc、.map）不在范围内。

开发

npm run check   # tsc 类型检查
npm test        # vitest 单元测试
npm run build   # tsc + tsdown（单文件 lib/client.js，内联 molstar）

真实 WebGL 挂载无法在 jsdom 下运行；请用 dsh web 配合 examples/ 里的结构文件做冒烟验证。

npm run build 后请硬刷新浏览器（Ctrl/Cmd+Shift+R）：dsh web 可能仍缓存旧的插件 bundle，软刷新用不到最新构建。

致谢

本插件基于 Mol*（/ˈmol-star/）构建——面向（不仅限于）大分子结构数据的下一代技术栈，由 PDBe 与 RCSB PDB 联合发起。

使用 Mol* 时，请引用：

David Sehnal, Sebastian Bittrich, Mandar Deshpande, Radka Svobodová, Karel Berka, Václav Bazgier, Sameer Velankar, Stephen K Burley, Jaroslav Koča, Alexander S Rose: Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures, Nucleic Acids Research, 2021; https://doi.org/10.1093/nar/gkab314.

License

MIT